Dalam rangka melatih life skill siswa SMP N 3 Bayat, maka SMP N 3 bayat melaksanakan program non akademis berupa :
- Pramuka
Kegiatan dimaksud untuk membina mental siswa dalam kegiatan kepramukaan yang dilatih oleh pembina pramuka yang sudah mengikuti diklat kepramukaan yang diadakan oleh kwarcab kabupaten Klaten
- Palang Merah Remaja
Dalam rangka meningkat pemahaman siswa berkaitan dengan kesehatan remaja dan problematikanya maka kegiatan PMR Estib akan menjadikan sumber inspirasi bagi mereka yang ingin berkarya di dalamnya
- Baca Tulis Al Quran
Al Quran merupakan pedoman hidup bagi umat islam, maka tim Al Quran yang berada di Estib akan berusaha semaksimal mungkin untuk memberantas buta huruf Al quran
- Music Orchestra
Musik orchestra merupakan gabungan dari berbagai alat musik yang dimainkan secara bersama, dan khusus untuk SMP N 3 Bayat merupakan menu wajib saat upacara bendera dengan menggunakan music Orchestra
- Estib Karate Syndycate
Untuk menjaga kesehatan fisik sekaligus untuk mengolah kemampuan bela diri siswa maka SMP N 3 Bayat mengadakan kegiatan karate. Kegiatan ini diampu oleh sinpe yang sudah terlatih dan teruji oleh penguji yang berkompeten di bidangnya
- Pembiasaan Pagi
Kebiasaan yang dilakukan setiap pagi sebelum masuk sekolah adalah : baris dan bersalaman kepada bapak/ibu guru agar siswa mendapatkan berkah darinya, berdoa didalam kelah agar apa yang dilakukan mendapatkan ridlo dari yang maha kuasa, menyanyikan lagu indonesia raya untuk menguatkan jiwa patriotisme leindonesiaan
- Pengajian Jumat Pagi
- Sehat Bersama
- Kebersihan Bersama